Maastikukaitseala eeskirjade kohaselt on inimtegevus seal piiratud. Aegnal on 24 looduskaitse all olevat rändrahnu (tuntumad Eerikukivi ja Tulekivi) ning 19 kinnismälestist. Muinasaegset asustust tõendab kultusekivi saare idaosas, neid on ka Hundipea nukil.  1931 avastati Aegnal kivilabürint.

Kirdeosas lõpeb kitsas poolsaar Lemmiku ninaga. Saare põhiosa põhjatipus asuva Eerikneeme ja Lemmiku nina vahel on laht. Läänerannikule jääb Kurikneem ja lõunarannikule Talneem, kus asub jahisadam. Mererand on valdavalt liivane.

Saare looduslikud kõrgemad kohad on loodeosas asuvad luited. Lemmiku ninal ulatub max kõrgus 4,7 m üle merepinna. Kogu saarel leidub rannavalle, idarannikul ka rannaastang. Üldiselt on Aegna tasane, seal esineb õhukese turbalasundiga madalsoid.

Umbes 70% saarest on kaetud metsaga. Valdavalt on need männikud, kuusikud, sanglepikud ja kaasikud. Aegnalt leitud 49 liiki torikuliste ja 80 liiki sammaltaimede hulgas leidub haruldusi, millest erilisemad on harilik valvik ja haruhärmik. Kirjeldatud on ka 344 liiki soontaimi, millest haruldasemad rand-kesakann ja euroopa kikkapuu.

Aegnal pesitseb merikotkas. 1930ndatel asustati saarele metskitsi. Seal elab ka rebaseid, oravaid ja jäneseid ning on leitud kopra tegevuse jälgi.

1. aprillist 2019 kuni 31. märtsini 2021 osaleb Tallinna linn lihtpartnerina EL projektis „Ökosaared – Urban Eco Islands”, mille eesmärk on arendada Helsingi-Tallinna kaksiklinna alal nutika säästva loodusturismi sihtkohana kaht saart – Aegnat ja Vasikkasaarit. Vt lähemalt: /est/kesklinn/Okosaared