Arhiivi käsutuses on kolm ajaloolist hoonet - Tolli 4, 6 ja 8. Neist suurim on 18. sajandi lõpul ehitatud varaklassitsistlik tolli- ja pakkhoone Tolli 8 (arhitekt J. C. Moor). Varem oli samal kohal Peeter I linnapalee. Tolli 6 on keskaegne elamu, ehitatud arvatavasti 14. sajandi teisel poolel. Tolli 4 koosneb kahest 15. sajandi esimesel poolel püstitatud elumajast, mis hiljem, tõenäoliselt 18. sajandi teisel poolel on üksteisega ühendatud.