Lasteaed alustas tööd 1959.ndal aastal venekeelse lasteaiana ja kandis nimetust Tallinna 62.Lasteaed. 1960-ndate aastate algusest on lasteaia töökeeleks eesti keel.

1999.aastal nimetati lasteaed ümber Kalamaja Lasteaiaks.

Aastatel 1986-93 tegutses lasteaias koolieelse rühma asemel Kalamaja Põhikooli I klass.

1984.aastast on lasteaial oma laul, mille kinkis meile endine lapsevanem, muusik Kaja Kõlar.

2022. aastal kirjutas õpetaja Ille lasteaiale ka oma luuletuse. 

         KÕIGE PAREM LASTEAED

     KALAMAJA TUNTUD KANT,
     KUID MIS ON SELLE EDU PANT?
     TASUB SUL VAID KORRAKS KAEDA
     KALAMAJA LASTEAEDA.
     KUI OTSID RÕÕMU, LEIAD SEALT,
     JUST LASTEAIA ÕUE PEALT.
     SEE RÕÕM ON RÜHMADESSE KANTUD
     JA LINNU NIMI NEILE ANTUD,
     ET PIKAL KÜLMAL TALVEAJAL
     IKKA SIDIN SÄDIN KAJAKS.
          LINAVÄSTRIK, LEEVIKE,
          SIISIKE JA TIHANE.
     KUI KEVAD SAABUB IMELINE
     ÕUES LASTEL LIND ON NIMELINE.
     KES AGA LASTE TEGEMISTEST
     ROHKEM TAHAB TEADA,
     TA OODATUD ON KALAMAJA LASTEAEDA.
 

Lasteaia eripäraks on see, et õppekava on läbi aastate toetunud eesti rahvakalendri tähtpäevadele.