Klastri üheks tunnuseks on koostöö haridus- ja teadusasutusega, kelle võtmerolliks on teadmiste ja tehnoloogiate loomine ja ülekanne ning klastritele sobiva tööjõu arendamine. Eesti klastritele pakuvad oma kompetentsi järgmised haridus- ja teadusasutused:

Tallinna Tehnikaülikool 

Eesti IKT klaster, Logistikaklaster; Teedeehituse klaster, Meditsiiniteenuste ekspordiklaster Medicine Estonia, Jäätmete taaskasutamise klaster, IKT Demokeskuse ekspordiklaster, Tuuleenergia klaster, Väikelaevaehituse klaster, Puiduehituse klaster, Puitmajaklaster, Kaitse- ja julgeolekutööstuse klaster, Rakuravi klaster, FinanceEstonia klaster, Kosmosetehnoloogia klaster, Mööblitööstuse klaster; Connected Health Cluster, ESTRONICS – targa elektroonika klaster, Puidutööstuse klaster, Targa linna klaster

Tartu Ülikool

Rakuravi klaster, FinanceEstonia klaster, Eesti IKT klaster, Targa linna klaster, Kaitse- ja julgeolekutööstuse klaster; Connected Health Cluster, Liikumistervise innovatsiooni klaster SportEST

Tallinna Ülikool

Filmitööstuse klaster, Eesti IKT klaster, Liikumistervise innovatsiooni klaster SportEST, Meditsiiniekspordi klaster Medicine Estonia

Eesti Maaülikool

Tuuleenergia klaster, Jäätmete taaskasutamise klaster, Puitmajaklaster, Kaitse- ja julgeolekutööstuse klaster, Puidutööstuse klaster

Eesti Ettevõtluskõrgkool Mainor

Logistikaklaster

Eesti Kunstiakadeemia

ESTRONICS – targa elektroonika klaster

Tallinna Tehnikakõrgkool

Teedeehituse klaster, Tuuletehnoloogia klaster