Lastead Mesipuu ajalugu sai alguse 25. aprillil 1977.aastal. Lasteaed asus Hertzeni nimelisel tänaval ja kandis nime Lastepäevakodu № 146. 

1995.a Põhja Tallinna haridusosakonna otsusel Lastepäevakodu № 146  reorganiseeriti uude asukohta aadressil Kangru 5. Eelnevalt oli samas majas, alates 1947.a, funktsioneerinud  sõim № 5.
1999.a lasteaed sai ametliku nime Lasteaed Mesipuu.
1. novembrist 2001.a. seoses Tallinna linnavolikogu otsusega Lasteaed Mesipuu (aadressil Kangru 5) ja lasteaed Pajuke (aadressil Kangru 6) ühinesid.

Praegu Lasteaed Mesipuu töötab kahes korpuses aadressil Kangru 5 ja Kangru 6. Igas korpuses on 4 rühma, kokku Mesipuu lasteaias töötab 8 rühma, nendest:sõime ning aiarühmad. Sõltuvalt vajadustest ja laste vanusest erinevatel õppeaastatel sõime- ja aiarühmade arv varieerub. Õppe – ja kasvatuskorralduse aluseks on lasteaia õppekava, mis vastab koolieelse lasteasutuse riiklikule õppekavale.

Lasteaia territoorium on  suur ja avar haljasala, kus kasvavad erinevad puud, põõsad ja lilled. Laste füüsilise arengu toetamiseks on paigaldatud uued kaasaegsed ja turvalised mänguväljakud. Kangru 6 õuealal asub spordisaal ning ühine spordiplats. Sõime- ja nooremarühmade mänguväljakud on eraldatud madala piirdeaiaga.

Lasteaed kuulub 2010. aastast Tervist Edendavate Lasteaedade võrgustikku (TEL) ning tegeleb aktiivselt terviseedendusega. Õppe- ja kasvatustegevuses pööratakse suurt tähelepanu laste karastamisele ja füüsilisele arengule (lasteaias on ujula ja saun), kui ka tervisliku toitlustamisele. Lasteaias on kindlustatud laste toetamine logopeedi, õpetajate ja eripedagoogi poolt. Psüühilise probleemiga lastele 2017.a. on rakendanud muusikateraapia.

2014. aastast osaleb projektis ”Kiusamisest vaba lasteaed”.

Alates 01.09.2018  tegutseb lasteaias  osaline keelekümblusrühm.

Alates 2018. aasta septembrist on alustanud pilootprojekt „Professionaalne eestikeelne rühmaõpetaja vene õppekeelega rühmas“. Projekti järgi töötavad 3 rühma. Projekt on lõppenud 30.08.2024.a. 

Periodil 2019-2024 on toimund muudatused lasteaia struktuuris. Need on tingitud  tavalaste,  HEV koha soovijate ning sõjapõgenike laste arvust. Seoses sellega on võetud tööle 1,0 koormusega logopeed (2021) Ukraina laste jaoks. HEV lastele on rakendatud muusika ja liivateraapia mida viivad läbi vastavaid koolitusi läbinud asutuse pedagoogid. 
Seisuga  01.09.2024 lasteaias töötavad 3 HEV lasterühma:  pervasiivsete arenguhäiretega laste rühm; tasandusrühm ning sobitusrühm.

Alates 01.09.2024 lasteaia töökeeleks on eesti keel.