Tallinna Seli lasteaed teeb tihedat koostööd järgmiste asutustega:

• Tallinna Haridusamet
• Lasnamäe Linnaosavalitsus
• Tallinna Ülikool
• Tartu Ülikooli Narva Kolledž
• Tallinna Priisle Lasteaed
• Tervise Arengu Instituut
• Tallinna koolinoorte teatrifestival "Kanutiaia Kann"
• Rahvusooper Estonia
• Iru Hooldekodu
• Eesti Lastekaitse Liit
• Ökokool
• Lasteteatrid

• Keskkonnaamet

• Lehola Keskkonnahariduskeskus

• Haridus-ja Noorteamet

• Tallinna Õppenõustamiskeskus 
• Rajaleidja
• Erinevad muuseumid ja huvikeskused